القابی  مانند شاکر و صابر و هادی نيز برای آن حضرت ذکر کرده اند که هريک باز گوينده صفتی از صفات آن امام بزرگوار بوده است .
کنيه امام " ابوجعفر " بود . مادرش فاطمه دختر امام حسن مجتبی ( ع ) است . بنابراين نسبت آن حضرت از طرف مادر به سبط اکبر حضرت امام حسن ( ع ) و از سوی پدر به امام حسين ( ع ) مي رسيد . پدرش حضرت سيدالساجدين ، امام زين العابدين ، علی بن الحسين ( ع ) است .
تولد حضرت باقر ( ع ) در روز جمعه سوم ماه صفر سال 57هجری در مدينه اتفاق افتاد . در واقعه جانگداز کربلا همراه پدر و در کنار جدش حضرت سيد الشهداء کودکی بود که به چهارمين بهار زندگيش نزديک مي شد .
دوران امامت امام محمد باقر ( ع ) از سال 95هجری که سال درگذشت امام زين العابدين ( ع ) است آغاز شد و تا سال 114ه . يعنی مدت 19سال و چند ماه ادامه داشته است .

مسموم شدن امام باقر(عليه السلام):

آنچه مسلم است اين است که امام باقر( عليه السلام) با طرح مرموز ومخفيانه هشام بن عبدالملک ، مسموم شد وبه شهادت رسيد، ولي عامل وچگونگي آن به روشني مشخص نيست .
بعضي مي نويسند: ابراهيم بن وليد بن يزيد بن عبدالملک ( پسر برادر زاده هشام) آن حضرت را مسموم كرد 
وبعضي مي نويسند : زيد بن حسن به دستورهشام ، زهر را به زين اسب ماليد واسب را به حضور امام باقر( عليه السلام) آورد، واصرار کرد که آن حضرت برآن سوار گردد ، آن حضرت ناگزير بر آن سوار شد وآن زهر دربدن او اثر کرد ، به گونه اي که رانهايش متورم شد وسه روز به سختی در بستر بيماري افتاد وسرانجام به شهادت رسيد .

قبر مقدس آن حضرت به اتفاق همگي دربقيع ، كنار قبر پدر وعم بزرگوار خود ، حضرت امام حسن (عليه السلام) قرار دارد .